溫體仁知道崇禎皇帝最恨有人造反，這一塊是他的逆鱗，觸之即死，是以便唆使手下，一頂造反的大帽子扣了下去，隻盼通過打擊孫元化，來實現打擊周延儒的目的。
這時隻見禦史餘應桂挺身而出，說道：“臣餘應桂，彈劾登萊巡撫孫元化，山東巡撫餘大成，有負天恩，枉顧職守，致使孔有德叛亂，禍亂山東，危害社稷，首輔周延儒收受孫元化人蔘，貂皮賄賂，舉薦孫元化，也負有失察之責，也應一併處分。”
兵科給事中李夢辰也站出附議，說道：“孔有德造反，一路殺官破縣，何以對孫元化另眼相看，輕輕放回，此必是孫元化與孔有德早有勾結，圖謀造反，皇上不可不察。”
又有禦史路振飛出列，稟道：“皇上，山東如今糜爛一片，山東巡撫餘大成，登萊巡撫孫元化兩人乃是罪魁禍首，其罪當誅，又有首輔周延儒，包庇二人，意圖開脫，也應一併獲罪，嚴加責罰。”
周延儒氣得渾身發抖，但是他一向涵養甚好，過了片刻，平息了一下心情，這纔出列說道：“皇上，臣從未接受過孫元化任何賄賂，臣之所以力保孫元化，也非想要包庇於他，實在是孫元化人才難得，當初寧遠一戰，轟死老奴努爾哈赤的火炮，就是元化帶人建造，其人精通火炮，擅長鑄炮，火炮技術，在我大明無人能出其右。”
停了停，他又繼續說道：“孫元化從師於徐光啟徐大人，孫元化為人如何，徐大人想必是最清楚不過的。”
禮部尚書徐光啟此時也在場，此時他年歲已老，今年剛好七十歲，德高望重，深受崇禎皇帝信賴，聽聞周延儒提到自己的愛徒孫元化，心忖這次是躲不過去了，當即也顫巍巍地出列說道：“皇上，老臣有話要說。”
徐光啟曆經萬曆，天啟，崇禎三任皇帝，堪稱三朝元老，便是崇禎也不能不給他個麵子，當即便溫言說道：“老大人有話請講。”
徐光啟定了定神，方纔說道：“孫元化乃是老臣門生，登州兵變，他禦下不嚴，用人失察，其罪當誅！”
“然而誠如周首輔所言，孫元化天資聰明，勤勤懇懇，自從上任遼東以來，直至登萊，一路裁減兵源，節省遼餉，為國家節省了大批銀錢，又安撫難民，研究西學，於火炮一道，頗有建樹，乃是難得的人才，所謂千軍易得，一將難求，雖然有罪在身，誅殺此人，一了百了，但是何不使他將功折罪，利用其擅長火炮的長處，為我大明繼續效力。”
說完這一席話，已經是氣喘籲籲，崇禎連忙使人看座。
這時次輔溫體仁也站了出來：“皇上，徐大人言之有理，周大人身為首輔，怎會收受賄賂，此必空穴來風，信口雌黃，孫元化人才難得，皇上還是使他戴罪立功吧。”
崇禎原本深恨孫元化，原本山東一片太平，隻因餘大成，孫元化兩人無能，本來還想使二人派人增援祖大壽，結果按下葫蘆起了瓢，不但冇有救出來祖大壽，反而把原本平穩的山東也弄得一片戰火，糜爛千裡。
孔有德起兵反叛至今已有半年之久，至今官軍仍然束手無策，這讓朝廷的麵子往哪放？孔有德反叛鬨得越久，崇禎心裡就越是生氣，而這一切的罪魁禍首，當屬用人不察的餘大成，孫元化兩人。
本來崇禎早已下定決心，若是孫元化兩人死在亂軍之中，倒也罷了，如今被亂軍放回，豈能輕饒他們，所以孫元化剛進京城，便被抓到京城鎮撫司，嚴刑拷打，奈何孫元化堅稱冇有造反，拒不認罪。
周延儒一向深獲崇禎信賴，徐光啟又是三朝元老，兩人雙雙力保孫元化，崇禎一時也有些動搖，尤其是徐光啟所言，千軍易得，一將難求，孫元化雖然有罪在身，但是這樣的能臣，也許讓他戴罪立功，纔是明智的選擇。
然而一向與周延儒不對付的次輔溫體仁也讚同釋放孫元化，周延儒，溫體仁兩人幾乎就是代表了朝廷上大部分朝臣的聲音，自己若是輕輕放過孫元化，豈不是說明自己這個皇帝，就任由群臣擺佈，雖然自己滿腔怒火，但是也不能不遵循群臣的意見，如此一來，自己天子的威嚴往哪放？
想到這裡，他一時又改變了對孫元化輕輕放過的心思，開口說道：“孫元化雖然人才難得，但是國有國法，家有家規，畢竟大錯已經鑄成，若是放過此人，此後再有人犯下滔天大罪，豈不是也可以以人才難得而脫罪？”
周延儒一聽，心裡一沉，看來皇上是不打算放過孫元化了，他偷偷瞥了溫體仁一眼，暗罵溫體仁老奸巨猾，明明是想處置孫元化，卻裝作讚同自己的意見，出列力保孫元化，結果造成皇上的逆反心理。
原本上朝之前，他已暗中與徐光啟通氣，希望利用自己的影響力，和徐光啟三朝元老的地位，保住孫元化一命，如今看來，皇上心意已定，自己卻是無力迴天。
崇禎皇帝正想宣佈對孫元化的處理，此時又有一人出列，稟曰：“臣聽聞，亡羊補牢，為時未晚，如今頭等大事，並非處置孫元化，而是應該如何應對孔有德這賊子。”
崇禎一看，正是太子少保，兵部尚書張鳳翼，此人擅長兵事，又有識人之能，陳奇瑜，洪承疇，盧象升等名將都是他一手發掘出來的。
張鳳翼也知孫元化是個人才，又善於揣摩上意，知道崇禎深恨孫元化，倒是大部分因孔有德而起，所謂處置孫元化，隻是皇上無力應對孔有德，而把怨氣發泄在孫元化身上罷了。
他擅長兵事，當即出列，想要為崇禎皇帝解憂，隻見他繼續說道：“此前連續圍剿孔有德失利，隻因所用非人，臣保舉右僉都禦史朱大典為山東巡撫，朱大典深諳兵事，才略過人，定然能不負陛下所托，剿滅叛賊孔有德。”
朱大典聞言，當即出列：“臣朱大典，願為皇上，披堅持銳，討伐逆賊！”